Advanced Algorithms for Bioinformatics

Organisationseinheit
Freie Universität Berlin/FB Mathematik und Informatik/LE Informatik

Bereich

Profilstudium mit der Ausrichtung Advanced Algorithms

Zugangsvoraussetzungen

Keine

Qualifikationsziele

Die Studierenden haben ein tieferes Verständnis für grundlegende algorithmische Konzepte im Bereich der Analyse genomischer Sequenzen vor dem Hintergrund aktueller Forschungsrichtungen der Bioinformatik und Biotechnologie. Sie verstehen verschiedene Paradigmen zur approximativen Suche, sie wissen, unter welchen Voraussetzungen bestimmte Algorithmen anderen vorzuziehen sind, und können wissenschaftliche Publikationen auf dem Gebiet entsprechend einschätzen.

Inhalte

Es werden vertieft Themen u. a. aus folgenden Gebieten behandelt:

Theoretische Informatik
Komplexitätstheorie
Berechenbarkeit
Datenstrukturen für Strings (compressed suffix arrays, approximative Suche, Bloom filter, de Bruijn graphs)
Algorithmen für RNA Strukturbestimmung und strukturellem alignment (2D, 3D)

Lehr- und Lernformen

Aktive Teilnahme

Vorlesung
2 SWS
Teilnahme empfohlen

Nachbearbeitung der Inhalte der Vorlesung und selbstständiges Erarbeiten von ergänzender Literatur Bearbeiten der Übungsaufgaben Seminarvortrag

Übung
2 SWS
verpflichtete Teilnahme

Nachbearbeitung der Inhalte der Vorlesung und selbstständiges Erarbeiten von ergänzender Literatur Bearbeiten der Übungsaufgaben Seminarvortrag

Seminar
2 SWS
verpflichtete Teilnahme

Nachbearbeitung der Inhalte der Vorlesung und selbstständiges Erarbeiten von ergänzender Literatur Bearbeiten der Übungsaufgaben Seminarvortrag

Aufwand

Präsenzzeit V	30 Stunden
Vor- und Nachbereitung V	70 Stunden
Präsenzzeit Ü	30 Stunden
Vor- und Nachbereitung Ü	30 Stunden
Präsenzzeit S	30 Stunden
Vor- und Nachbereitung S	80 Stunden
Prüfungsvorbereitung und Prüfung	30 Stunden

Modulprüfung
Klausur (90 Minuten), die Klausur kann auch in Form einer elektronischen Prüfungsleistung durchgeführt werden, oder mündliche Prüfung (ca. 20 Minuten)

Differenzierte Bewertung
differenzierte Bewertung

Modulsprache
Englisch

Arbeitsaufwand (Stunden)
300

Leistungspunkte (LP)
10

Dauer des Moduls
Ein Semester

Häufigkeit des Angebots
Jedes Sommersemester

Verwendbarkeit

Masterstudiengang Bioinformatik